Frits Boer is als kinder- en jeugdpsychiater werkzaam geweest in de Zaanstreek (Medisch Opvoedkundig Bureau; 1976-1982), Oegstgeest (Curium; 1982 – 2001) en Amsterdam (AMC & de Bascule; 2001-2009). In Amsterdam was hij hoogleraar kinder- en jeugdpsychiatrie, met speciale belangstelling voor angststoornissen (waaronder de dwangstoornis en traumagerelateerde stoornissen), depressie, somatoforme stoornissen en slaapstoornissen. Ook heeft hij onderzoek gedaan naar gezinsrelaties, vooral die tussen broers en zussen. Hij is sinds 1 december 2009 met emeritaat. Hij is auteur van talrijke wetenschappelijke artikelen en boeken, zoals Angst bij kinderen, Slaapproblemen bij kinderen en Broers en zussen van speciale en gewone kinderen (Houten: Lannoo Campus, 2011/2012).